朱祐字仲先,是南阳郡宛县人。幼年丧父,（就随母亲）回到复阳县外祖父刘氏家中,（经常）到舂陵去,世祖刘秀与刘伯升（光武帝刘秀大哥齐武王刘演）都很喜欢他。刘伯升官拜大司徒后,就让朱祐担任自己的护军。后来世祖担任大司马,讨伐河北时,也让朱祐担任自己的护军。世祖时常亲自到朱祐那里去和他见面,并住宿在朱祐的房中。（有一次）朱祐陪世祖吃饭,随口（对世祖）说:“（现在）长安政治混乱,您有帝王之相,这是上天的旨意啊。”世祖说:“叫刺奸将军来收捕你这个护军!”朱祐于是不敢再说了。（后来朱祐）跟随（刘秀）征讨黄河以北地区,时常奋力作战，攻陷敌军阵地。（刘秀就）让朱祐做偏将军,并（上奏朝廷）封他为安阳侯。世祖即位后,就授予朱祐建义大将军一职。

光武帝建武二年(公元26年),改封（朱祐）为堵阳侯。这年冬天,（朱祐）与各位将领在淯阳攻打邓奉的军队,（结果）朱祐兵败,被邓奉所俘获。第二年,邓奉的军队被打得大败,他就以脱去上衣、露出胳臂认罪的形式经由朱祐之手投降。于是光武帝恢复了朱祐的职位并且厚加慰劳赏赐，又派遣他（率军）攻打新野、随县,（最后这些地方）都被平定了。延岑自从在穰（今河南邓县）兵败后,就与秦丰部将张成会合在一起,朱祐率领征虏将军祭遵与延岑在东阳打仗,把延岑打得大败,并临阵斩了张成,延岑兵败逃跑，归附秦丰。朱祐缴获敌军印章绶带九十七件。又进军攻击黄邮,迫使黄邮投降,（光武帝于是）赏赐朱祐三十斤黄金。

建武四年,朱祐率领破奸将军侯进、辅威将军耿植，取代征南大将军岑彭到黎丘围攻秦丰，在蔡阳把秦丰的部将张康打得大败,最后斩了张康。光武帝亲自到黎丘（督战）,派御史中丞李由持盖有皇帝印章的书信招降秦丰,秦丰却口出恶言,不肯投降。光武帝就掉车回去,口授朱祐（攻打秦丰的）方法策略,朱祐就全力围攻秦丰。到第二年夏天, 黎丘城中（缺少粮草）困苦不堪,秦丰就带着他的母亲和妻儿共九人以肉袒的形式（向朱祐）投降。朱祐用囚车把秦丰押送到洛阳,（皇帝就）把秦丰斩了。大司马吴汉却弹劾朱祐，说他废弃皇上诏令接受（秦丰）投降,有违将帅职责,但光武帝没有（给朱祐）加罪。朱祐返回军中后,与骑都尉臧宫会合，攻打延岑余党在阴县、酂县及筑阳县三地的贼众,最后全都平定了。

朱祐为人质朴正直,崇尚儒学。率军打仗,经常接受敌人投降,把能攻克安定城邑作为根本,并不追求滥斩敌人首级的功劳。又对手下士卒发布禁令，不准他们虏掠百姓,军人们乐于放纵,很多人因此埋怨朱祐。建武九年,朱祐屯兵南行唐，抵御匈奴。建武十三年,朝廷增加（朱祐的）封邑,确定封号为鬲侯,享有七千三百户的封地。

建武十五年,进京朝见皇帝,上缴大将军印绶,就以奉朝请的身份留在京城。朱祐上奏章说古代大臣受封赏,不加王爵,建议朝廷改诸王封号为公。光武帝立即采纳并施行。（朱祐）又上奏章说，应该下命令把三公官职前的“大”字都去掉,以符合经典规范。后来光武帝就接受了他的建议。

朱祐当初在长安求学,光武帝前去看望他,朱祐没有及时接待他,而是先到讲堂去了。后来光武帝驾临朱祐府第,就笑着（对朱祐）说:“主人该不会又丢下我不管，而去讲堂吧?”因为（和皇帝）有旧日恩情,所以（朱祐）多次承蒙皇帝赏赐。建武二十四年,（朱祐）去世。