于志宁，字仲谧，京兆高陵县人。曾祖父名谨，在北周立有功劳，授太师官衔，封燕国公爵号。父亲名宣道，在隋朝官至内史舍人。炀帝大业末年，于志宁被选调为冠氏县长，山东发生暴乱，他弃官回家了。

高祖李渊进入关中时，于志宁带领随从到长春宫迎接拜见他，高祖下诏授予他渭北道行军元帅府记室。贞观三年，于志宁担任中书侍郎。太宗李世民曾经设宴款待亲近的朝臣，问：“于志宁在哪儿？”主管官吏禀奏：“敕令召见三品及三品以上官员，于志宁是第四品。”太宗明白过来了，特地诏令他参加宴会，当即授予他散骑常侍、太子左庶子等官职。当时商议建立供奉皇家祖先的七庙，大家都把希望把凉武昭王李暠奉为始祖，于志宁认为凉武昭王并未开创大唐帝业的根基，只他一个人的意见跟大家不同。太宗听从了他的建议。太宗曾对于志宁说：“往昔周成王以周公、召公为老师，每天听到的都是正道，反复熟悉就成了他的本性。现在太子年纪小，您应当用正道来辅佐、教导他，不让邪门歪道诱惑他的心灵。努力办好这事，官职赏赐是可以不按常规次序破格获得的。”太子李承乾屡犯罪过，于志宁想挽救、阻止他，呈上《谏苑》婉言劝说。太宗看到后非常高兴，赏赐给他黄金十斤、绢帛三百匹。不久，兼任太子詹事，因为要替母亲服丧才免去了职务，太宗诏令提前复职，于志宁坚持请求服丧满期，太宗派遣中书侍郎岑文本敦促开导说：“为国尽忠和为母尽孝无法同时做到，现在太子等待人去教导约束，您勉强复职吧，替我完成辅导他的任务。”于志宁这才复职。

太子在农忙季节时建造深邃的密室，一连几个月不停工，还过度地爱好歌舞。于志宁劝谏太子，太子不听。李承乾的太子身份被废除后，太宗了解了实际情况后，说道：“听说您多次劝谏，承乾不听您的，所以到了这个地步。”这时东宫属官都获罪免官，唯独于志宁（因勤勉）而受到慰问和鼓励。

永徽四年，有十八颗陨石坠落到同州，高宗询问说“：这是什么征兆？我要以悔改以前的过失、修养以后的德行来警戒自己，怎么样？”于志宁回答：“《春秋》记载，‘有五颗陨石坠落在宋国。’内史说：‘这是自然现象，不是产生吉凶的根源。’事物本来有自身的规律，并非全部和人事有关。虽然是这样，陛下在没有灾害的情况下也警戒自己，这对造福是没有妨害的。”不久升任太傅。曾和右仆射张行成、中书令高季辅一起得到高宗赏赐的土地，于志宁禀奏：“我家从北周、北魏以来世代居住在关中，家产没有失去。张行成、高季辅如今才开始经营田产，希望把赐给我的土地赐给不足的人。”高宗赞赏他的美德，把赐给他的土地分赐给了张行成、高季辅。

显庆四年，因为年老请求退休，诏令免去尚书左仆射职务，改授太子太师官职，保留同中书门下三品头衔。王皇后被高宗废除时，长孙无忌、褚遂良坚决劝阻却不被高宗采纳，于志宁不敢说话。武则天皇后认为他不替自己帮忙，心怀不满，后来趁着杀掉长孙无忌时，于志宁也获罪免职，离京任荣州刺史，改任华州刺史，朝廷批准他退休。去世时，七十八岁，追认为幽州都督，谥号为“定”。